Sabancı Üniversitesi Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi Öğretim Üyesi Ogün Adebali ve ekibi, SARS-CoV-2 virüsünün Türkiye’deki yayılımını ve evrimsel geçmişini inceledi. Yapılan araştırmada koronavirüsü vakalarının Türkiye’ye girişlerinin birden fazla kaynaktan bağımsız olduğu ortaya çıkarıldı.
Sabancı Üniversitesi Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi Öğretim Üyesi Ogün Adebali ve Sabancı Üniversitesi öğrencileri Aylin Bircan, Burak İşlek, Berkay Selçuk, Zeynep Kılınç, Berk Turhan ile Defne Çirci'den oluşan ekibi dünyayı hızlıca etkisi altına alan COVID-19’a neden olan SARS-CoV-2 virüsünün evrimsel geçmişini, Türkiye’deki yayılımını ve mutasyonlarını incelendi.
Virüsün hangi yolları takip ettiğini ve hangi mutasyonlara sahip olduğunu anlayabilmemizi sağlayan çalışmada, 30 tanesi Türkiye’de dizilenmiş olmak üzere dünya genelindeki toplam 15277 virüs genomu üzerinde filogenetik analiz yapıldı.
Virüs, açıklanan ilk resmi vaka tarihinden önce Türkiye'de girmiş olabilir
Yapılan analizler sonucunda SARS-CoV-2 virüsünün, açıklanan ilk resmi vaka tarihinden önce Türkiye'ye girmiş olabileceği saptandı.
Daha önce yapılan çalışmalarla L ve S tipi olarak sınıflandırılan virüsün Türkiye'deki yayılımında, 30 genomun 29'unun L tipi olduğu görülmüştü. İlk resmi vakadan bir hafta sonra izole edilen bir genomun, atasal olarak adlandırılabilecek S tipi virüs kümesi ile daha sonra ortaya çıktığı düşünülen ve Avrupa’da yayılan L tipi virüs kümesi arasındaki bir geçiş formu olduğunun bulunması, Türkiye’ye virüsün tespit edilenden daha erken giriş yapmış olabileceğine işaret ediyor.
Türkiye’deki virüs genomlarının tek bir grupta kümelenmediği, dolayısıyla virüsün ülkeye birbirinden bağımsız çoklu giriş ile yayıldığı anlaşıldı. Buna rağmen iki genom kümesinin Türkiye’de daha fazla yayılım içerisinde olduğu ortaya çıktı.
Virüs girişleri Kuzey Amerika, Avustralya ve Avrupa ilişkili
Ogün Adebali ve ekibi tarafından yapılan çalışmada Aralık 2019’dan itibaren dizilenen genomlara bakıldığında, ayda ortalama olarak 2 mutasyon geçirdiği görüldü. 30 genomun filogenetik dağılım tabanlı incelenmeleri sonucu virüs girişlerinin Çin, Kuzey Amerika, Avustralya ve Avrupa ilişkili olduğu gözlendi. Ek olarak, iki şehrin Suudi Arabistan'da dolaşımda olan virüs tipleri ile ilişkili olduğu belirlendi. Çalışmada Avrupa kaynaklı virüslerin Türkiye’de yoğun olduğu nokta İstanbul olarak saptandı. Türkiye'nin 5 farklı şehrindeki genomların Ankara ile ilişkili olduğu görüldü.
Virüsün evrim ve yayılması hakkında daha kesin sonuçlar elde edebilmek için dizilenen genom sayıları artırılması, analizler daha fazla genom üzerinde kapsamlı bir şekilde yapılmasının sağlanması için önemli olduğu belirtildi.
SARS-CoV-2 Epidemiyolojisi Arayüzü TÜBİTAK COVID-19 portalında hizmete sunuldu. Yeni genomlar eklendikçe Türkiye odaklı yayılım rotaları uygulamaya eklenecek.
EMBO, TÜBİTAK ve Bilim Akademisi tarafından desteklenen bu çalışma Turkish Journal of Biology dergisinin COVID-19 özel sayısında yayımlanacaktır. Makalenin baskı öncesi versiyonu erişime açıktır.
Proje Ekibi
Bu projede Öğretim Üyesi Ogün Adebali ile birlikte Sabancı Üniversitesi Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyomühendislik Programı PhD öğrencileri Aylin Bircan, Burak İşlek, MSc öğrencisi Berkay Selçuk, Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyomühendislik- Bilgisayar Bilimi ve Mühendisligi Programı Çift Anadal lisans öğrencileri Zeynep Kılınç, Berk Turhan ile Malzeme Bilimi ve Nano Mühendislik-Bilgisayar Bilimi ve Mühendisligi Programı Çift Anadal lisans öğrencisi Defne Çirci görev almıştır.