Öğretim Üyemiz Canan Atılgan’ın Projesine TÜBİTAK 1001 Desteği

Sabancı Üniversitesi Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi (MDBF) Öğretim Üyesi Canan Atılgan’ın yürütücüsü olduğu proje, TÜBİTAK 1001 programı kapsamında destek almaya hak kazandı.

Canan_Atılgan

Canan Atılgan’ın projesi, “Genetik Kodlanmış Floresan Biyosensörlerin Tasarımı için Genelleştirilmiş Bir Hesaplamalı Metodolojinin Geliştirilmesi” başlığını taşıyor. Proje kapsamında MDBF Öğretim Üyeleri Emrah Eroğlu ve Ali Rana Atılgan araştırmacı olarak görev alacaklar.

Projede biyosensör tasarımında deneysel deneme-yanılma aşamalarını elimine eden, proteinlerin sadece bağlanma bölgesini değil, tüm yapısal ve dinamik bilgisini kullanarak hesaplamalı adıma ağırlık kazandıran ve deneysel ölçümleri de içine alan bir bütünsel süreç geliştirmek hedefleniyor.

Projenin amacı hakkında bilgi veren Canan Atılgan, “Genetik Kodlanmış Floresan Biyosensör tasarımı probleminin ancak tüm protein yapısını içeren bütünsel bakış açısıyla optimize edilebileceği hipotezi çerçevesinde, moleküler düzeyde etkin müdahalelerle bu probleme sistematik ve genelleştirilebilir çözümler üretmeyi hedefliyoruz. Tasarladığımız GKFBleri Emrah Hoca labında üretip test ederek mükemmelleştirecek. Böylelikle, üç yıl olarak planladığımız ve üç doktora öğrencisinin de yetişmesine katkı vereceği çok disiplinli projemiz kapsamında hem temel bilim literatürüne bir katkı sağlayabilmeyi hem de uygulamalı alanda, prototip GKFBler üretebilmeyi umuyoruz.” dedi.

Projenin önemine değinen ve detayları hakkında bilgi veren Canan Atılgan, şunları söyledi: “Hücrenin rutin işlerini yaptığı ortamda proteinlerle birlikte metabolik süreçlerde yer alan küçük moleküller çok fazla var. Hücrenin işlevinin zorlandığı durumlarda bunların sayısında değişiklikler sıra dışı koşulların varlığını gösteriyor. Örnek olarak, kanserli hücrelerde mikroçevresel değişimlerle uyumlu metabolik yeniden programlamaya bağlı oksijen azalması ve NADPH gibi kofaktörlerde artışlar gözlemleniyor; beyin hastalıklarında işlevsel değişiklikler serbest demirle ilintilendirilmiş. Dolayısıyla, seçilmiş moleküllerin canlı hücrelerde yerinde ölçülmesi erken teşhis ve tedavide önemli yer tutuyor. Uygulamalarda Genetik Kodlanmış Floresan Biyosensör (GKFB) teknolojileri öne çıkıyor. GFKBler nanoteknolojik araçlar. Bunlar istenilen molekülü bağlayan bir proteinde oluşan konformasyonel değişimi flüoresan ışınımla ölçüyorlar; karmaşık donanımlara gerek kalmıyor. Öğretim üyemiz Emrah Eroğlu bu tür biyosensörlerin laboratuvar ortamında geliştirilmesinde uzman. Kendisiyle pandemi döneminde Fasshane’de açık havada bilimsel sohbetler yaparken, işlevsel GKFBlerin üretiminin yıllar alabilen deneme ve yanılma ağırlıklı süreçlere bağlı olduğunu öğrendik. Yine bu projede araştırmacımız olan öğretim üyemiz Ali Rana Atılgan’la birlikte GKFBleri oluşturan proteinlerin üç boyutlu yapılarına kodlu işlevleri kullanılarak sürecin kısaltılması teoride mümkün olduğunu tespit ettik. Tabii pratikte aşılması gereken teknik sorunlar var ve şu anda hesaplamalı biyoloji literatüründe sadece ölçümü yapılması istenilen ligandın bağlanma bölgesinin tasarlanmasıyla ilgili olanlar tartışılmakta.”

 

İlk Yayınlanma Tarihi: 25.08.2021 10:52:10